Vous reprenez le contrôle d'Ezio en plein champ de bataille, et il se rue sur un ennemi. Appuyez à répétition sur "carré/X" pour blesser votre adversaire au cou avant que la séquence ne plante. Rebecca vous explique que vous allez devoir reprendre la mémoire génétique depuis le début.
Vous revenez donc à Rome, juste après le message de Minerve à la fin de Assassin's Creed II, et vous retrouvez Ezio. Sortez de la pièce, pour voir le sol s'enfoncer et les fragments d'Eden disparaître. Mario vous retrouve. Pour le rejoindre, passez en mode Vision d'aigle pour voir les rebords qui vous permettront de sortir du trou.
Suivez ensuite Mario pour fuir le Vatican, dont les gardes vous recherchent. Cette brève partie vous permettra de vous familiariser avec les commandes. Bousculez les prêtres sur votre chemin, combattez les gardes, et vous finirez par rejoindre un clocher duquel vous plongerez dans le Tibre.
Vous vous retrouvez ensuite à cheval vers Monteriggioni. Suivez Mario sur votre monture en restant à ses côtés, jusqu'à rejoindre les escaliers de la résidence Auditore, acclamé par la foule. Avant de rentrer chez vous, vous avez trois missions très simples:
•La marchande de fleurs: Elle est sur une place, près de la résidence. Portez sa caisse jusqu'au checkpoint, à la porte de la résidence Auditore.
•Le cheval: Devant les portes de la ville. Marchez droit vers le cheval, et quand il commence à courir pour se sauver, appuyez vite sur "rond/B" pour monter dessus. Ramenez-le aux écuries.
•Le canon: Sur les murailles. Utilisez les palans pour grimper plus vite. Retrouvez les ouvriers, puis allez chercher l'architecte, qui pique un somme dans un refuge des murailles non loin. Retrouvez-le, puis accompagnez-le au canon. Une fois l'arme réglée, essayez-la en visant cinq des cibles indiquées.
Une fois les missions faites, retournez chez vous rendre votre rapport et prendre un repos bien mérité.
Après la cinématique, vous commencez sur les chapeaux de roues : Monteriggioni est prise d'assaut par une armée gigantesque, et vous avez votre lame secrète et votre épée pour vous défendre ! Commencez par vous ruer à cheval vers les portes de la ville, en évitant les maisons qui s'effondrent, et grimpez vers les canons pour plomber les ennemis. Vous devez tenir le temps que le compteur des habitants évacués arrive à zéro. Si le canon que vous utilisez est touché, changez. Ensuite, partez combattre les soldats qui grimpent sur le chemin de ronde. Il n'y a qu'un seul soldat un peu coriace, mais avec quelques coups de pied, il sera à terre.
Vous verrez alors Mario se faire tuer par Cesare Borgia, la Pomme d'Eden volée et Caterina Sforza enlevée. Vous prenez aussi une balle dans l'épaule. Partez vers la résidence, en combattant les soldats ennemis (ce sera facile puisque vous n'êtes pas seuls). Là bas, suivez Claudia vers le passage vers la crypte, d'où vous fuirez la ville.
La séquence se termine quand Ezio perd connaissance.
Avec Desmond :
Vous prenez ensuite le contrôle de Desmond, qui maîtrise le parkour aussi bien que son ancêtre. Et surprise, vous êtes à Monteriggioni! L'objectif est de faire le chemin inverse d'Ezio dans le passage entre les grottes et la crypte. Pour trouver l'entrée, suivez d'abord le spectre vers la barrière et faites un saut de la foi.
Lucy et vous allez maintenant explorer les souterrains pour ouvrir la porte. Le chemin n'est pas très compliqué : activez les manettes, grimpez avec les palans, faites sauter Lucy vers les manettes en hauteur.
Une fois que vous avez ouvert la porte, Shaun va vous demander d'installer quatre boîtiers pour faire dériver l'électricité vers la crypte. Utilisez la Vision d'aigle pour voir que le premier à placer se trouve juste derrière Shaun. Les trois autres sont en ville:
•Un est dans la rue principale, près de ce qui était l'échoppe du forgeron
•Un autre est plus au sud
•Le dernier est sur la place entre l'église et la fontaine.
Vous retournez dans la crypte. Discutez un peu avec vos camarades avant de retourner dans l'Animus.